Противопоказанием к остеопатическому лечению относятся онкологические заболевания, острые инфекционные и воспалительные заболевания, инфаркт, инсульт, выраженная недостаточность различных органов и систем в стадии декомпенсации (сердечно-сосудистой, печеночной, почечной, внутричерепной гипертензии), системные заболевания крови, гемофилия, кровотечения, тромбозы сосудов, свежие травматические повреждения костей и суставов, позвоночника и черепа, внутренних органов, психические растройства в период обострения. Не все противопоказания являются абсолютными. Например, при онкологии, по согласованию с лечащим онкологом, остеопатия может быть применена в качестве паллиативного лечения, целью которого является уменьшение страданий больного. Острые инфекционные и воспалительные заболевания при переходе в хроническую стадию могут лечиться остеопатическими методами. Очень эффективна остеопатия на восстановительном этапе в постинфарктных, постинсультных и посттравматических состояниях, в послеоперационном периоде. В указанных случаях решение о начале остеопатического лечения принимается совместно с лечащим врачом по основному заболеванию или по его рекомендации.